Molina Aterno, in epoca preromana e romana dovette essere un pagus della città di Superaequum e inglobare un Vicus. Bastano a documentare la frequentazione dell’altura molinese sin dall’epoca più arcaica, i centri fortificati di Mandra Murata e di colle Castellano, dove, verso la fine del secolo scorso (1892), il noto archeologo peligno Antonio De Nino, individuò importanti resti di una doppia muraglia di cinta in grandi blocchi poligonali e una via che da Sprecato sale verso il Colle Castellano, scavata nella viva roccia. Nella contrada Sprecato inoltre fu rinvenuta una necropoli del periodo repubblicano. Lo stesso De Nino vi segnalava 8 o 9 tombe a camera (simili a quelle della celebre Corfinium).Nella contrada chiamata Campo Valentino e nella contrada Pretoli, intorno al lago Acquaviva, già nel secolo scorso si scoprivano regolarmente mura, tombe, mosaici, sepolcri, capitelli, una statua priva di testa, una grande idria di creta finissima (ora conservata nel palazzo dei signori Pietropaoli) ed ancora: ceramiche, rocchi di colonne, monete e alcune iscrizioni (ora murate nel marciapiede di piazza S. Nicola) nelle quali si attestano le presenze dei seguenti amministratori pubblici: aediles, duoviri e prefecti iure dicurldo. Nella stessa area di Campo Valentino, che la tradizione indica come il luogo di una antica città distrutta, recentemente sono venute alla luce una serie di nuclei abitativi con pavimenti musivi e un interessantissima tomba di guerriero con un ricco corredo funerario di armi e buccheri italici databili al VI secolo a. C. Tra la contrada Fontanelle e il Colle Fonte Vecchio, durante i lavori della linea ferroviaria, sono state rinvenute costruzioni antiche e parte della necropoli con sepolcri di età romana.
Da questa necropoli probabilmente proviene il rilievo funerario di una coppia di liberti dei Varii e il tempio dedicato ad Ercole, come risulta dalle iscrizioni di età tardo repubblicana ivi rinvenute, insieme a numerosi bronzetti raffiguranti ll mluco eroe. Nel 787 dal Chronicon Vulturnense, documento n. 25, apprendiamo che tali Agilbertus et Remo, messi di Carlo Magno, nella contesa fra i monaci di S. Vincenzo e alcuni uomini di Balva, con inchiesta diretta e indiretta sui luoghi, redigono l’elenco dei sudditi del monastero con la quantità di terra tenuta in Molina Aterno.